Plateforme Biologie moléculaire de Coniphy
Les prestations de CONIPHY
sur la détection des pathogènes des plantes
Résistance des phytopathogènes
Le laboratoire maîtrise la culture des principaux agents pathogènes responsables des maladies de la vigne (Mildiou, Oïdium et Porriture Grise), des céréales (Septoriose du blé, Helminthosporiose et Rynchosporiose de l’Orge), du Colza (Sclérotinia) et de la Pomme de Terre (Mildiou et AlternArioses). CONIPHY réalise des tests in-vitro (milieu gélosé en boite de Pétri, milieu liquide en microplaque) et in-vivo (disques de feuille) lui permettant d’une part d’identifier des phénotypes résistants à différents modes d’action et d’autre part de caractériser la sensibilité des populations (étude d’un très grand nombre d’individus pour chaque population).
Par ailleurs et depuis plusieurs années, CONIPHY a développé de nouveaux outils et acquis une expertise reconnue par la communauté scientifique (publications) sur les méthodes biomoléculaires (qPCR, pyroséquencage, NGS). Ces techniques déterminent les mécanismes de résistance à certains modes d’action (Inhibiteurs de la respiration, Inhibiteurs de la biosynthèse des stérols, SDHI…). Ces méthodes permettent de caractériser génétiquement des souches et surtout de quantifier dans des populations naturelles les fréquences d’individus résistants.
Quels sont les pathogènes pour lesquels CONIPHY étudient les différents modes d’action ?
Mildiou de la vigne (Plasmopara viticola)
1 – Test sur disques de feuilles ou test «in vivo» est un Test Qualitatif (présence ou absence de phénotypes résistants).
A partir des symptômes présents dans le prélèvement d’une parcelle, une population est reconstituée. Elle est utilisée pour infester des disques de feuilles en présence d’une molécule active. Après incubation, une notation visuelle de la sporulation (en comparaison avec le témoin) est utilisée pour calculer l’efficacité de chaque concentration de matière active testée.
2 – Test microplaque ou test « in vitro » est un Test Quantitatif (pourcentage de chaque phénotype dans une population)
A partir d’une population reconstituée provenant des symptômes présents dans le prélèvement d’une parcelle, une étude basée sur l’observation du nombre de zoospores libérées ou germées, en contact avec une matière active, est faite pour quantifier la fréquence de chaque phénotype dans une population.
3 – Test biomoléculaire est un Test Quantitatif (pourcentage de marqueurs génétiques dans une population)
A partir de l’extrait d’ADN d’une population, une recherche de marqueurs génétiques spécifiques à la résistance recherchée est effectuée par qPCR ou par Pyroséquençage.
Oïdium de la vigne (Erysiphe necator)
Parmi les matières actives pour lesquelles Coniphy réalise l’étude de résistance, on trouve :
1 – Test sur disques de feuilles ou test «in vivo» est un Test Qualitatif (présence ou absence de phénotypes résistants)
A partir des symptômes présents dans le prélèvement d’une parcelle, une population est reconstituée. Elle est utilisée pour infester des disques de feuilles en présence d’une molécule active. Après incubation, une notation à la loupe binoculaire (en comparaison avec le témoin) est réalisée pour calculer l’efficacité de chaque concentration de matière active testée.
2 – Test ruban adhésif ou test «in vivo» est un Test Quantitatif (le pourcentage de chaque phénotype dans une population, permet de représenter la structure de chaque population vis-à-vis de la matière active).
A partir de disques de feuilles, contenant une matière active et infestés avec une population provenant de symptômes présents dans un prélèvement, une empreinte des conidies et des filaments mycélien est réalisée avec un ruban adhésif. Une observation au microscope permet de calculer le pourcentage des spores sensibles et tolérantes à la dose de matière active étudiée.
3 – Test biomoléculaire est un Test Quantitatif (pourcentage de marqueurs génétiques dans une population)
A partir de l’extrait d’ADN d’une population, une recherche de marqueurs génétiques spécifiques à la résistance recherchée, est effectuée par qPCR ou par Pyroséquençage.
Pourriture grise de la vigne (Botrytis cinerea)
Parmi les matières actives pour lesquelles Coniphy réalise l’étude de résistance, on trouve :
1 – Test microplaque ou test « in vitro » est un Test Quantitatif (pourcentage de chaque phénotype dans une population)
A partir d’une population reconstituée provenant des symptômes présents dans le prélèvement d’une parcelle, une étude basée sur la germination et la longueur du tube germinatif de chaque spore est réalisée à l’aide d’un logiciel d’image développé en interne, Fungi Mesures. Il permet de quantifier la fréquence de chaque phénotype dans une population.
2 – Test biomoléculaire est un Test Quantitatif (pourcentage de marqueurs génétiques dans une population)
A partir de l’extrait d’ADN d’une population, une recherche de marqueurs génétiques spécifiques à la résistance recherchée, est effectuée par qPCR ou par Pyroséquençage.
Mildiou de la pomme de terre (Phytophtora infestans)
1 – Test sur disques de feuilles ou test «in vivo» est un Test Qualitatif (présence ou absence de phénotypes résistants).
A partir des symptômes présents dans le prélèvement d’une parcelle, une population est reconstituée. Elle est utilisée pour infester des disques de feuilles en présence d’une molécule active. Après incubation, une notation visuelle de la sporulation (en comparant avec le témoin) est utilisée pour calculer l’efficacité de chaque concentration de matière active testée.
Septoriose du blé (Zymoseptoira tritici)
Parmi les matières actives pour lesquelles Coniphy réalise l’étude de résistance, on trouve :
1 – Test microplaque ou test « in vitro » est un Test Quantitatif (pourcentage de chaque phénotype dans une population)
Une population reconstituée provenant des lésions présentes dans le prélèvement d’une parcelle est mise en contact avec une molécule active. Après incubation, une étude basée sur la germination et la longueur du tube germinatif de chaque spore est réalisée à l’aide d’un logiciel d’image développé en interne, Fungi Mesures. Il permet de quantifier la fréquence de chaque phénotype dans une population.
Helminthosporiose de l’orge (Helminthosporium teres)
Parmi les matières actives pour lesquelles Coniphy réalise l’étude de résistance, on trouve :
1 – Test microplaque ou test « in vitro » est un Test Quantitatif (pourcentage de chaque phénotype dans une population)
Une population reconstituée provenant de la réactivation de symptômes présents dans le prélèvement d’une parcelle est mise en contact avec une molécule active. Une observation de la germination et la longueur du tube germinatif de chaque spore est réalisé à l’aide de la loupe binoculaire. Il permet de quantifier la fréquence de chaque phénotype dans une population.
2 – Test biomoléculaire est un Test Quantitatif (pourcentage de marqueurs génétiques dans une population)
A partir de l’extrait d’ADN d’une population, une recherche de marqueurs génétiques spécifiques à la résistance recherchée, est effectuée par qPCR ou par Pyroséquençage.
Rhynchosporiose de l’orge (Rhynchosporium commune)
Parmi les matières actives pour lesquelles Coniphy réalise l’étude de résistance, on trouve :
1 – Test boîte ou test « in vitro » est un Test Quantitatif (pourcentage de chaque phénotype dans une population)
Une population reconstituée provenant de lésions présentes dans le prélèvement d’une parcelle, est mise en contact avec une molécule active dans une boîte gélosé. Après incubation, une étude basée sur la germination et la longueur du tube germinatif de chaque spore est réalisé à l’aide d’un logiciel d’image développé en interne, Fungi Mesure. Il permet de quantifier la fréquence de chaque phénotype dans une population.
Détection de phytopathogènes
Aujourd’hui, la détection de moisissures phytopathogènes est aussi une affaire de biologie moléculaire. Il est possible avec ces méthodes fiables et robustes non seulement de caractériser la présence de ces micro-organismes mais aussi de les détecter lorsqu’ils sont en très faible quantité. Un atout pour adapter les traitements de lutte et valider des observations au champ.
Détection d’Oïdium en vigne
En partenariat avec Bayer, Coniphy travaille depuis 2014 au développement d’un Kit de détection rapide de la présence d’Oïdium sur feuilles de vigne.
L’objectif de cette méthode est de pouvoir détecter la présence de la maladie avant l’apparition des symptômes et donc d’optimiser les moyens de lutte.
La méthode permet de détecter la présence des contaminations à partir de deux spores d’Oïdium par cm2. Cette sensibilité a pu être atteinte grâce à l’utilisation de la qPCR.
Cette technique détecte la présence d’oïdium sur les feuilles entre 10 à 20 jours avant l’apparition des symptômes.
Après récolte de 30 feuilles et envoi au laboratoire Coniphy, la réponse est disponible 48 heures plus tard. Cette donnée permet de placer au mieux les traitements préventifs contre l’Oïdium.
Détection de Flavescence dorée et Bois noir
Depuis 2020 Coniphy commercialise la détection de deux phytoplasmes : Candidatus phytoplasma vitis responsable de la Favescence dorée et Candidatus phytoplasma solani responsable du Bois noir de vigne.
Coniphy utilise la méthode de PCR triplex en temps réel, dérivée de la méthode officielle MOA006 version 2a, la quelle, permet d’avoir la réponse dans un délai de 5 jours.
CONIPHY n’est pas un laboratoire de référence et ne dispose pas d’accréditation pour la détection de ces deux phytoplasmes. En revanche, nos laboratoires disposent d’équipements et compétences pour l’application des méthodes de détection en biologie moléculaire.
Des études en double aveugle ont permis de confirmer officiellement les résultats obtenus pour nous clients en 2020.